2005年，為提高我國男科的學術水平和臨床診療水平,，滿足學科建設和男科疾病診療需要,，在郭應祿院士的直接組織領導下，北大醫(yī)院男科中心正式成立運行,。北大醫(yī)院男科中心擁有中西醫(yī)男科學專家,，集醫(yī)療、教學,、科研為一體,，男科學發(fā)展進入規(guī)模化,、規(guī)范化的迅速發(fā)展階段,。

醫(yī)療工作主要針對男性性功能障礙、男性不育癥,、男性生殖器畸形,、前列腺疾病、性腺功能障礙,、生殖系感染,、性傳播疾病、男性計劃生育,、男性更年期綜合癥、男性生殖系統(tǒng)腫瘤等等,，包括門診,、輔助檢查、病房及手術室四個區(qū)域,，設有藥劑科,、檢驗科、心電圖室,、超聲室,、放射科、尿動力學檢查室,、男女性功能檢查室,、電生理室,、骨密度檢查室、膀胱鏡檢查室等,，主要檢查設備包括島津多功能數(shù)字化遙控X光診斷系統(tǒng),、GE數(shù)字彩色超聲診斷系統(tǒng)、Laborie和Medtronic影像尿動力測試儀,、Medtronic盆底肌電診斷儀,、Lunar雙能X線骨密度儀、RigiScan陰莖硬度測量儀,、MEDOC定量感覺障礙測定儀,、全自動血、尿,、精液,、全自動酶聯(lián)免疫分析儀等，治療系統(tǒng)包括泌尿男科腔鏡診斷治療系統(tǒng)（包括全數(shù)字化膀胱尿道鏡,、尿道內切開鏡,、前列腺電切鏡和腹腔鏡）；Laborie和Medtronic生物反饋治療系統(tǒng),；男女性功能障礙治療系統(tǒng),；CO2激光治療系統(tǒng)；全套數(shù)字化重癥監(jiān)護系統(tǒng),；顯微外科專用手術設備等,，常規(guī)開展陰莖假體植入、陰莖背深靜脈結扎,、陰莖背神經矯形,、顯微鏡下輸精管-輸精管吻合和附睪輸精管吻合、男性外生殖器整形等男科特色手術,。至今北大醫(yī)院男科中心已經成為國內公立醫(yī)院中規(guī)模大,、設備齊全的治療水平較高的單位。