遺址中心部分面積為6萬(wàn)平方米,,外緣面積12萬(wàn)平方米,,是一處較大型的遺址。遺址東2公里為古老的泗河,,遺址北側(cè)有一條古河道,。中國(guó)社會(huì)科學(xué)院考古研究所對(duì)此遺址共進(jìn)行了7次發(fā)掘,揭露面積10180平方米,,發(fā)掘出新石器時(shí)代墓葬899座,,房址14座,,灰坑423座。除大量石,、陶、骨,、玉,、蚌、牙,、角質(zhì)器物外,,還出土了不少的動(dòng)物遺骸等。
王因遺址分為五層,,二至四層為大汶口文化早期地層,,第五層為北辛文化晚期地層。王因遺址墓葬全部出在大汶口文化地層中,,葬式以仰身直肢葬為主,,合葬和二次合葬占一定比例,側(cè)身和曲肢葬為數(shù)較少,。
王因遺址墓葬區(qū)是全國(guó)大的史前墓地之一和發(fā)現(xiàn)墓葬氏族公共墓地,。王因遺址的發(fā)掘以墓葬區(qū)為主,尚有大面積的生活區(qū)保存完整,。王因遺址中出土的生產(chǎn)工具,、生活用具、墓葬隨葬品以及亞熱帶動(dòng)物遺骸,,為研究史前生活習(xí)俗,、埋葬方式、人類(lèi)體質(zhì)特征和史前環(huán)境提供了重要的實(shí)物資料,。王因遺址所反映出來(lái)的大汶口文化和北辛文化,,從而對(duì)確立兩種文化的傳承關(guān)系,提供了非常關(guān)鍵的地層依據(jù),。王因遺址的發(fā)掘資料由中國(guó)社會(huì)科學(xué)院考古研究所編著為《山東王因》考古專(zhuān)著,,并由科學(xué)出版社出版發(fā)行。