貝加爾湖形成于約2500萬年前印度板塊和歐亞板塊相互碰撞后的強(qiáng)烈地震,，湖盆形成于2000~2500萬年前。前蘇聯(lián)科學(xué)家維列夏金根據(jù)古生物和地質(zhì)方面的材料推測(cè),，中生代侏羅紀(jì)時(shí)的貝加爾湖以東地區(qū),，曾有過一個(gè)浩瀚的外貝加爾海。后來由于地殼變動(dòng),，留下了內(nèi)陸湖泊-貝加爾湖,。隨著雨水、河水的不斷加入,，咸水變淡,。

球膨裂說認(rèn)為，46億年前地球形成之后,，在39億年前,，空氣中的水蒸汽凝結(jié)成水珠降回地表形成海洋,，這時(shí)的海洋覆蓋這整個(gè)地球,，深度1.2萬米。5.2億年前,，由于地球發(fā)生了大的膨裂,，海水流入地殼的裂縫，海水從大陸上逐步退出,，大陸逐漸露出海面,，一些海洋生物就留在了大陸上低洼地區(qū)的湖泊里。5.2億年前的海水是咸的,，因此貝加爾湖的湖水也是咸的,，但由于大量的雨水、河水不斷流入貝加爾湖，湖水逐漸變淡,。一些在海洋咸水中生存的海洋生物,，逐漸適應(yīng)了貝加爾湖中的淡水環(huán)境。