據(jù)《巴縣志》記載:“清康熙四十六年(1707)改八坊為二十九坊,,三教堂屬楊柳坊管轄”?,F(xiàn)該寺大三門橫額上落款有“嘉慶已二十四年仲夏慧齡立”字樣。
能仁寺有四重殿寧,,依次是書(shū)馱殿,、觀音殿、祖堂,、禪堂,。1926年,能亮住持時(shí)改子孫廟為十方叢林。解放前,,該寺常住尼眾10余人,,信教徒眾多,常年香火不斷,。
20世紀(jì)六十年代初至70年代,,文革十年浩劫,宗教活動(dòng)停止,,殿堂被占用,,尼眾去做工,寺廟毀于一旦,。文革浩劫后,,由政府出面歸還寺廟,并撥款9萬(wàn)元,,該寺自酬資金18萬(wàn)元,,將幾大殿堂修葺一新,1983年恢復(fù)開(kāi)放,。1985年該地居士達(dá)450人,,平時(shí)有100—400信教群眾參加活動(dòng)。文革幸存下來(lái)的一尊“玉佛”現(xiàn)存觀音殿內(nèi),,此殿香火旺盛,,常年不斷。另有三個(gè)青磁香爐,,是民國(guó)二十年(1931)三教堂專門制作的,,香爐上燒有“三教堂”及制作年代,文革期間被“吳抄手”餐館買去裝飯菜,,后落實(shí)政策,,幾經(jīng)周折才物歸原主。據(jù)說(shuō)這香爐盛飯菜,,十天半月也不餿,,引起了很多人的興趣。
中國(guó)佛教協(xié)會(huì)主席趙樸初為該寺題寫(xiě)有“大雄寶殿”額,,不少知名人士也題寫(xiě)對(duì)聯(lián),,為能仁寺增光添彩。