國清寺始建于唐憲宗時(806-820年),開山祖師名為行滿,,是天臺山國清寺的第十代祖師,,故此寺與之同名,為中國佛教最早宗派天臺宗的一脈,。國清寺歷經(jīng)戰(zhàn)火,,屢次遭損,民國15年(1926年)南通張謇等人發(fā)起募化重修大雄寶殿,、金剛殿,、藏經(jīng)樓等處,1946年冬月,,因戰(zhàn)爭拆除天王殿部分和藏經(jīng)樓,、西廂房,保留大雄寶殿,,1968年被拆除寺廟全部建筑,,基址上建成機關(guān)和民居。
現(xiàn)在的國清寺為重建建筑,,遷建于掘港西南隅古芳泉廟遺址,,寺廟東園依中軸線建造了牌坊、山門,、照壁,、天王殿、大雄寶殿,、藏經(jīng)樓、丈室,;兩側(cè)建有釋迦殿,、四大名山殿、千佛殿,、大圣殿,、文昌殿、東岳殿,、土地祠,、龍王殿以及鐘樓,、祖堂、客堂,、僧寮等,。其殿堂齊全,布局合理,,層次分明,,朱紅色圓柱、杏黃色粉墻,、麻石板地面,,配以雕梁畫棟、翹檐飛角,,造型雄偉壯觀,。
原國清寺遺址總面積約15000平方米,是與日本第十三次遣唐使相關(guān)的近海唯一一處明確可指的文化遺產(chǎn),,也是國內(nèi)目前所知唯一見證日本遣唐使的考古遺跡,,現(xiàn)已辟為掘港國清寺遺址公園。