（1）畜禽糞肥或以畜禽糞肥為主要原料的有機(jī)肥含鹽分較重、易使土壤鹽化,，升高土壤鹽濃度,，提高營(yíng)養(yǎng)元素對(duì)農(nóng)作物的肥效臨界點(diǎn)，增大施肥量,。嚴(yán)重時(shí)會(huì)導(dǎo)致種子不發(fā)芽,、燒苗、燒根,。

（2）畜禽糞肥的氮是以尿酸形態(tài)氮為主,，尿酸鹽不能直接被作物吸收利用，它在土壤中分解時(shí)消耗大量的氧氣,，釋放出二氧化碳?xì)?，故易傷害作物根部?/p>

（3）畜禽糞肥中可以檢出芽胞桿菌屬、大腸桿菌以及十多個(gè)屬的真菌和一些寄生蟲(chóng)等,，自身帶較多病菌,、蟲(chóng)卵，還易引病蟲(chóng)害,。

（4）部分畜禽糞肥存在著微量元素含量超標(biāo)的問(wèn)題,。在畜禽飼料中，由于大量添加銅,、鐵,、鋅,、錳,、鈷、硒和碘等微量元素,，使得許多未被畜禽吸收的微量元素積累在畜禽糞便中。根據(jù)有關(guān)單位調(diào)查,，一些大中型畜禽養(yǎng)殖場(chǎng)所使用的飼料中,，重金屬污染比較嚴(yán)重,，銅、鋅,、鉻,、鉛和鎘的含量普遍超過(guò)國(guó)家飼料衛(wèi)生標(biāo)準(zhǔn)或無(wú)公害生產(chǎn)飼料標(biāo)準(zhǔn),，尤其砷和汞等毒害元素也個(gè)別超標(biāo)。

（5）大部分畜禽糞肥或以畜禽糞肥為主要原料的有機(jī)肥呈酸性,，易生病菌，須用石灰中和,，致土壤板結(jié),；

（6）畜禽糞肥或以畜禽糞肥為主要原料的有機(jī)肥肥性較熱,，在高溫天氣使用，易燒苗燒根,；

（7）畜禽糞肥或以畜禽糞肥為主要原料的有機(jī)肥需要堆漚腐熟后使用,、人工多,，周期長(zhǎng)；

（8）畜禽糞肥或以畜禽糞肥為主要原料的有機(jī)肥因雜質(zhì)較多,，純度偏差極大，含量極不穩(wěn)定,，無(wú)法保證施用養(yǎng)分含量及效果,。