（1）畜禽糞肥或以畜禽糞肥為主要原料的有機肥含鹽分較重,、易使土壤鹽化,，升高土壤鹽濃度，提高營養(yǎng)元素對農(nóng)作物的肥效臨界點,，增大施肥量,。嚴重時會導致種子不發(fā)芽、燒苗,、燒根,。

（2）畜禽糞肥的氮是以尿酸形態(tài)氮為主，尿酸鹽不能直接被作物吸收利用,，它在土壤中分解時消耗大量的氧氣,，釋放出二氧化碳氣，故易傷害作物根部。

（3）畜禽糞肥中可以檢出芽胞桿菌屬,、大腸桿菌以及十多個屬的真菌和一些寄生蟲等,，自身帶較多病菌、蟲卵,，還易引病蟲害,。

（4）部分畜禽糞肥存在著微量元素含量超標的問題,。在畜禽飼料中,，由于大量添加銅、鐵,、鋅、錳,、鈷,、硒和碘等微量元素，使得許多未被畜禽吸收的微量元素積累在畜禽糞便中,。根據(jù)有關單位調(diào)查,，一些大中型畜禽養(yǎng)殖場所使用的飼料中，重金屬污染比較嚴重,，銅,、鋅、鉻,、鉛和鎘的含量普遍超過國家飼料衛(wèi)生標準或無公害生產(chǎn)飼料標準,，尤其砷和汞等毒害元素也個別超標。

（5）大部分畜禽糞肥或以畜禽糞肥為主要原料的有機肥呈酸性,，易生病菌，須用石灰中和,，致土壤板結,；

（6）畜禽糞肥或以畜禽糞肥為主要原料的有機肥肥性較熱，在高溫天氣使用,，易燒苗燒根；

（7）畜禽糞肥或以畜禽糞肥為主要原料的有機肥需要堆漚腐熟后使用,、人工多，周期長,；

（8）畜禽糞肥或以畜禽糞肥為主要原料的有機肥因雜質(zhì)較多，純度偏差極大，含量極不穩(wěn)定,，無法保證施用養(yǎng)分含量及效果。