維管束植物有54科107屬134種,,其中紅樹植物有5科7屬10種,。植被類型有紅樹林、濱海鹽沼,、濱海沙生植被3個植被型,,秋茄林、秋茄+桐花樹林,、蘆葦鹽沼,、短葉茳芏鹽沼、互花米草鹽沼,、苦郎樹群落,、雞矢藤群落等7個群系。分布面積廣大的紅樹植物是主要植物資源,。
野生脊椎動物有21目54科212種,,其中獸類3目3科6種、鳥類16目40科181種,、爬行類1目6 科17種,、兩棲類1目5科8種。列入國家重點保護的野生動物有卷羽鵜鶘,、褐鰹鳥,、海鸕鶿、黃嘴白鷺,、黑臉琵鷺,、黑翅鳶、普通鵟,、鶚,、小杓鷸、小青腳鷸,、褐翅鴉鵑,、草鸮等29種。其中屬中日兩國政府協(xié)定保護候鳥有96種,,中澳兩國政府協(xié)定保護候鳥有52種,。此外,保護區(qū)還有眾多的水生生物資源,包括潮間帶生物231種,、浮游植物93種,、浮游動物60種、魚類129種,、甲殼類36種,。
該區(qū)位于福建省東南部的九龍江入海口,,位于東經(jīng)117°51′——118°00′,,北緯24°20′—24°29′。保護區(qū)范圍包括了浮宮鎮(zhèn)的海山村,、霞威村,、埔里村、田頭村,、霞郭村,;東園鎮(zhèn)的秋租村、田厝村,、鳳鳴村,;海澄鎮(zhèn)的埭新村、玉枕村,、大成農(nóng)場,;紫泥鎮(zhèn)的甘文農(nóng)場、軍墾農(nóng)場,;角美鎮(zhèn)的橋頭村,、金山村,、白礁村,,分布在龍海市的5個鄉(xiāng)鎮(zhèn)的13個行政村,2個鎮(zhèn)辦農(nóng)場和一個軍墾農(nóng)場,。
保護區(qū)屬南亞熱帶海洋性季風(fēng)氣候,,暖熱濕潤,雨量充沛,,干,、濕季分明,多年平均氣溫21.1℃,,無霜期328天,,年日照時數(shù)為2223.82小時,年均有霧日數(shù)14天,,年降水量1371.9毫升,,降水多在4~9月。年平均4次臺風(fēng),。
九龍江河口濕地是九龍江流域多年沉積形成的大片灘涂,,區(qū)內(nèi)土壤主要是濱海鹽土,。九龍江是北溪和西溪兩個河系的共稱。九龍江河口上段分為北港,、中港和南港,。下段是咸水區(qū)域,鹽度相對比較高,,保護區(qū)的甘文位于北港和中港匯流處,,大涂洲位于南港出口與海門島之間,浮宮片位于南港與南溪匯流處,,三片都屬于海水和淡水交匯區(qū)域,。九龍江河口屬徑流與潮流相互作用的強潮海區(qū)。九龍江河口灣泥沙主要來源于河流輸沙和潮流輸沙,,年平均輸沙量為246.1萬噸,。由于大量泥沙入海,九龍江灘涂面積平均每年增加1.8k平方千米,。
1988年經(jīng)福建省人民政府批準為省級自然保護區(qū),。
2001年經(jīng)龍海市編辦批準,保護區(qū)名稱變更為龍海九龍江口紅樹林省級自然保護區(qū)管理處,。
2006年12月綜合考慮紅樹林資源保護與地方經(jīng)濟發(fā)展的現(xiàn)實需要,,經(jīng)省政府批準,保護區(qū)進行了范圍調(diào)整,,并重新確定界限和功能區(qū)劃分,,保護區(qū)面積擴大到420.2公頃,由甘文片,、大涂洲片和浮宮片三個部分組成,。
保護區(qū)獨特的地理位置和豐富的生物多樣性,長期以來受到了廈門大學(xué),、國家海洋三所等有關(guān)高等院校,、科研機構(gòu)和專家學(xué)者的關(guān)注,開展了多方面的科學(xué)考察與交流活動,,取得許多研究成果,。截至2011年,共接待前來考察,、研究,、教學(xué)實習(xí)的專家、學(xué)者,、大中專學(xué)生及青少年夏令營近5000人次,,并成為廈門大學(xué)重要的教學(xué)基地,發(fā)揮了自然保護區(qū)作為科研、科教培訓(xùn)和科普基地的功能和作用,。