據(jù)史書記載，早在四千年以前的新石器時(shí)代,，先民就在菏澤市境內(nèi)繁衍生息,。漢代，今境內(nèi)分屬兗州濟(jì)陰郡,、山陽郡,、東郡及豫州之梁國。唐代,，今境內(nèi)屬河南道,，中部屬曹州，東部屬濮州,，東北部屬鄆州,，南部屬宋州。明代,，今境內(nèi)大部屬山東承宣布政使司所轄的兗州府,。1959年9月，菏澤專區(qū)恢復(fù),，仍領(lǐng)原8縣,。1960年10月，改菏澤縣為菏澤市,。1963年3月16日,，改菏澤市為菏澤縣。1983年9月,，菏澤縣再次改為菏澤市（縣級）,。1989年12月22日,，梁山縣劃歸濟(jì)寧市。2000年6月10日,，經(jīng)國務(wù)院批準(zhǔn),，改菏澤地區(qū)為菏澤市（地級），原菏澤市（縣級）更名為牡丹區(qū),。

截至2023年12月31日，菏澤市下轄2個(gè)市轄區(qū),、7個(gè)縣,，分別為牡丹區(qū)、定陶區(qū),、曹縣,、單縣、成武縣,、巨野縣,、鄆城縣、鄄城縣,、東明縣,。