南通境內(nèi)成陸最早的西北部為揚(yáng)泰崗地外緣,，5000多年前就有人類生息繁衍、南北朝時(shí)期,，今南通市區(qū)一帶逐漸漲沙成洲,，稱胡逗洲。唐代,，胡逗洲得到開(kāi)發(fā),。宋天圣元年（1023年）通州改名為崇州,，又稱崇川，隸屬于淮南東路,。1949年10月,，南通專區(qū)隸屬蘇北行政公署，下轄如東,、南通,、海門、啟東,、崇明5縣和南通市,。1953年1月起，江蘇復(fù)省,，南通市為省轄市,，同時(shí)建有南通區(qū)（1953年4月起改稱“南通專區(qū)”。1978年7月改“南通專區(qū)”為“南通地區(qū)”）,。其中“南通市”管轄城區(qū),、郊區(qū)。南通專區(qū)或南通地區(qū)管轄海安,、如皋,、如東,、南通,、海門、啟東,、崇明7縣（其中崇明縣于1958年11月劃歸上海市）,。1983年3月,，國(guó)務(wù)院決定，改南通地區(qū)為南通市,，原地區(qū)行署所轄6縣由南通市領(lǐng)導(dǎo),，實(shí)行市管縣體制。

截至2023年12月31日,，南通市轄3個(gè)區(qū)（崇川區(qū),、通州區(qū)、海門區(qū)）,、3個(gè)縣級(jí)市（啟東市,、如皋市,、海安市）,、1個(gè)縣（如東縣）。